巴中市第三中學行政管理機構設有8個內設機構和6個教育教學年級組。

    8個內設機構是：辦公室（人力資源處）、教務處（招生辦公室）、政教處、教科室、藝教處、總務處、信息管理中心、安保處。

    6個教育教學年級組是：初一年級組、初二年級組、初三年級組、高一年級組、高二年級組、高三年級組。

    各機構的主要職責如下：

    （一）辦公室（人力資源處）：負責學校文電、會務、機構編制、人事、保險、機要、保密、宣傳、檔案、督查、協調、接待等工作；組織起草重要報告和綜合性材料；完成學校臨時安排的其他工作。

    （二）教務處（招生辦公室）：負責草擬學校教學管理規章制度，擬定學校教學工作計劃并組織實施；負責招生考試、學籍管理、課程管理、語言文字推廣使用等工作，協助上級做好校級以上考務工作；負責對各年級組的教學工作進行指導、監管、評價和目標考核；完成學校臨時安排的其他工作。

    （三）政教處：負責草擬學校德育、衛生健康教育管理規章制度和相關工作計劃并組織實施；負責德育教育工作，協助校園文化建設；負責管理班主任工作，聯系家長委員會工作，指導學生社團工作；衛生及健康教育活動；負責對年級部德育、衛生及健康教育工作的指導、監管、評價和目標考核；負責管理學校衛生及心理健康教育等場地及其設施設備；完成學校臨時安排的其他工作。

    （四）教科室：擬定和實施學�？蒲泄ぷ饔媱�，總結分析并推廣教科研成果，開發與推廣校本課程，管理科研課題；負責主（協）辦各類教科研學術活動和教師繼續教育工作；負責教學科研工作的指導、評價和目標考核。

    （五）藝教處：負責藝術和體育教育管理規章制度和相關工作計劃并組織實施；負責藝術和體育活動規章制度和相關工作計劃并組織實施；協助校園文化建設；負責管理指導學生社團工作；負責對年級組藝術及體育健康教育工作的指導、監管、評價和目標考核；負責管理學校藝術、體育健康教育場地（館）及其設施設備；完成學校臨時安排的其他工作。  

    （六）總務處：擬定和實施學校后勤管理工作計劃；負責采購、設備維護（修）、基建、校舍修繕工作；負責校產校舍登記、水、電、燃氣、物業管理等工作；負責校園凈化、綠化、美化、亮化工作；負責對校內公產公物管理使用情況進行督導、考核及節能減排工作；負責草擬學校財務管理制度，管理財務工作，編制、審核有關財務報表并綜合分析；負責繳納教職工的“五險一金”，辦理現金出納業務；負責收集和填報學校統計報表；完成學校臨時安排的其他工作。

    （七）信息管理中心：負責草擬學校信息化和教育技術發展規劃及規章制度，做好相關管理與服務工作；牽頭負責學校教育教學技術裝備工作；負責學校信息數據庫建設、管護；負責學校網絡輿情和網絡安全監管，承擔學校網絡輿情報送、對外網絡宣傳報道工作；負責學校網站建設、管理和維護；完成學校交辦的其他任務。

    （八）安全保衛處：負責草擬學校安全管理規章制度，擬定學校安保計劃并組織實施，維護學校治安秩序；負責學校師生法制、安全、禁毒、防邪教育等工作；負責處理或協助處理學校處理發生的安全治安事故；負責安全工作的督導和目標考核工作。

     各級組主要職責為：負責制定教學及工作計劃；負責德育、教學、教育科研、安全、衛生防疫等工作的開展；負責師生的教育、管理工作；負責教學工作安排及日常工作考核；負責學科備課組的建設和管理；負責使用的公產公物的管理和校園文化建設工作；完成學校交辦的其他任務。